Külliye’nin en büyük ölçülerdeki binası Büyük Saray, konumu, süsleme ve iç mekân düzeniyle sultan ve ailesinin ikametine ayrılmıştır. Dikdörtgen bir sete oturan binanın biri ön avlu diğeri seyir terası gibi düzenlenmiş iki bölümlü bir avlusu vardır. Köşkün iç mekân düzeni ana çizgilerle Küçük Saray’ın bir benzeridir. Yapının güneybatısındaki ön avluya kuzeybatı cepheden girilir. Ön avlunun güneybatı kenarında bir sekinin gerisine yan yana dizilmiş yedi hücre yer alır. Güneydoğu kenardaki iki mekân birer kapıyla avluya açılırken diğerlerinin kapıları tespit edilememiştir. Ön avlunun kuzey köşesinde bir çeşmenin kalıntıları vardır. Avludan taçkapıyla dahil olunan iç mekânda iki yanında odaların olduğu bir hol, Taht Salonu ve Taht Eyvanının bulunduğu ana bölüme açılır. Burası resmi kabul ve görüşmelerin yapıldığı yerdir. Bu orta kısmın batı kenarındaki iki odadan kuzeydeki çinileri ve oturma sekisiyle özel bir odadır. Taht eyvanının güney köşesindeki dar dehlizden köşkün ‘harem’ olarak adlandırılan kısmına geçilir. Bu bölüm, ana bölümle aynı plandadır. Kuzeydoğu köşede içinde hususi bir helânın da yer aldığı süit odanın sultana ait olduğu tahmin edilmektedir. Bunun doğusunda ise Kubadabad kazılarında çok ünlü alçı dolap parçalarının bulunduğu oda yer alır. Köşkün kuzeyinde ise avlunun ikinci kısmı vardır. Burası harem ve taht eyvanının doğrudan açıldığı sultan ve ailesine ait hususi bir alandır.

    Büyük Saray’a güneydoğu köşeden bitişik sultanî bir hamam vardır. Hamama ön avludan ve harem bölümünden dar bir geçit aracılığıyla geçilir. Zemin seviyesindeki duvarları kalabilmiş hamamın külhan ocağının ağzı, su deposu, sıcaklık ve buna bitişik hücre, ılıklık ve soyunmalık ile cehennemlik kısmının tuğla ayakları ortaya çıkarılabilmiştir. Bina Topkapı Sarayı’nın bir ön modeli denilebilecek planı ve seçkin süsleme özellikleriyle Türk Saray ve Köşk Mimarisinin başyapıtlarından biridir.