Kubadabad Külliyesi’nin iki ana köşk yapısından biri olan bina, kısmen traşlanarak tesviye edilmiş kayalık bir alan üzerine oturur. Kuzeydoğuya uzanan dikdörtgen bir taban üzerindeki Büyük Saray üç ana bölümden oluşur: Ön avlu, taht eyvanlı bölüm ve buna bitişik harem denilen bölüm. Yapının güneybatı kanadını oluşturan ön avlunun girişi, kuzeybatı cephedeki bir kapıdan sağlanmıştır. Ön avlunun güneybatı kenarında bir sekinin gerisine yan yana dizilmiş yedi küçük oda göze çarpar. Ön avlunun güneydoğu kenarındaki iki oda birer kapıyla avluya açılır. Bunlar ile saray cephesi arasındaki dar koridor Büyük Saray hamamına geçit verir. Ön avlunun kuzey köşesine bitişik kalıntı ise bir çeşmedir. Temelleri ve künkleri tespit edilen çeşmenin saray duvarına dayandığı, duvardaki izlerden belli olmaktadır. Taç kapının gerisindeki esas saray planı Küçük Saray ile benzerlik gösterir. Bu bölümde, kapının gerisinde bir vestibül, sonra taht salonu ve taht eyvanı ile bunların iki yanında mekanlar yer alır. Bu şema, sarayın güneydoğu kanadındaki "harem” denilen bölümde de tekrarlanır. Salonun kuzeybatı kenarında da bir oda vardır. İn-situ çinilerin bulunduğu "divan" olarak adlandırılan oda binanın en özgün verilerinin bulunduğu mekânlardandır.

     Büyük sarayın sofa (taht salonu) ve taht eyvanı ögelerini esas alan düzeni; Ortaçağ'da ister kapalı sofa, ister üstü açık iç avlu şeklinde olsun Gazneli saraylarından tüm Orta Asya-İran anıtsal yapılarından beri belirginleşen, görkemli ana eyvan ve önünde salon veya şeref avlusu birleşimi geleneğini yansıtır. Taht eyvanının güney köşesindeki dar ve kısa dehliz, sarayın yan bölümüne geçişi sağlar. Prof. Dr. K. Otto-Dorn'un "harem" olarak adlandırdığı bu bölüm, taht salonu-taht eyvanı eksenli ana bölüme dik bir açıyla, fakat aynı plan anlayışıyla yerleşmiştir. Taht salonundan daha küçük olan bu salon kareye yakın boyutlardadır. Karşısındaki eyvanın arkasındaki kapı Büyük Saray’ın seyir terasına açılır. Büyük Saray'da in-situ olarak kalabilmiş tavus kuşu kabartmalı alçı dolaba ait parçalar saray süslemesinde, mobilya türünde de olsa alçı malzemenin kullanıldığını ortaya koyması açısından önemlidir. Bunun dışında taht eyvanının batısındaki odada son derece önemli lüster in-situ çini panolarıyla karşılaşılmıştır. Bu çiniler ve alçı dolap parçaları Konya Karatay Medresesi Çini Eserler Müzesi’nde sergilenmektedir.

     Büyük Saray ile Küçük Sarayı birbirine baglayan dar koridor ile Büyük Saray ön avlusu arasında kalan alanda bir hamam ortaya çıkartılmıştır. Burada 8,25x I7,00m. boyutlarındaki alanın kazısı sonunda hamamın belli bir seviyeye kadar yıkılmış tuğla duvarları, külhan bölümünde ocağın ağzı, su deposu, sıcaklık ve buna bitişik hücre, ılıklık ve soyunmalık olması gereken mekanlar, duvarların içinde su künklerinin kalabilen kalıntı ve izleri, tüteklikler; zemini tamamen çökmüş durumdaki hücre ile kısmen çökmüş durumdaki ılıklığa uygun düşen mekânda cehennemliğin tuğla ayakları açığa çıkarılmıştır.